一种环状DNA测序工具

根据一项新的研究，阿尔伯塔大学（University of Alberta）的生物学家发明了一种新的环状DNA测序方法，叫做CIDER-Seq，将为其他科学家提供关于任何类型细胞中环状DNA的丰富、准确的数据。

虽然我们自己的DNA是线性的，但环形DNA在细菌和病毒基因组中是很常见的。科学家也在人类和植物细胞的细胞核内发现了环状DNA，被称为染色体外环状DNA（eccDNA）。最近，研究已经开始调查eccDNA在人类癌症中的作用，但是由于缺乏有效的方法来研究和测序eccDNA，进展受到阻碍。

“我们的主要进展是，通过我们的方法，科学家最终可以获得对任何类型细胞中环状DNA的公正、高分辨率的理解，”生物科学系博士后研究员、主要作者Devang Mehta解释。“随着CIDER-Seq的发明，我们可以开始了解这些神秘的环状DNA在人类和植物细胞中的作用。”

CIDER-Seq利用了 PacBio的DNA测序技术。该方法包括一个网络实验室方法，以及一个新的计算渠道。经过优化，它可以同时检测病毒基因组和eccDNA，并可供其他科学家在线访问。

“我们设计了一种新的分子生物学方法和一种新的生物信息学算法，以最终获得eccDNA的全长测序，”Mehta解释说。“我们的方法使我们能够对这些分子进行完整的测序，并为我们和其他研究人员提供了一个更好地了解它们在细胞中实际作用的工具。”