一种优化基因调控研究的新工具

细胞蛋白质常常直接与DNA相互作用，调节和影响基因的表达。要做到这一点，蛋白质首先需要进入细胞核。

当蛋白质到达其目标位置时，染色质展开以显示蛋白质将与之相互作用的DNA片段。这种相互作用显然是生物学家非常感兴趣的，因为它是多种重要细胞功能的核心，甚至可以导致疾病的功能紊乱。

为了研究蛋白质与染色质的相互作用，生物学家使用了一种叫做“染色质免疫沉淀（ChIP）”的技术。ChIP背后的基本思想是使用一种针对染色质结合蛋白的抗体，然后将其“拉下来”或与捕获的DNA片段沉淀。然后通过测序确定与蛋白质结合的DNA，这就是为什么该技术通常被称为“ChIP-seq”。

自2007年发明以来，ChIP-seq已经成为研究染色质相关蛋白如组蛋白和转录因子的最流行方法。然而，它需要一长串的手动步骤，这些步骤限制了它的吞吐量和灵敏度。

现在，由EPFL生物工程研究所的Bart Deplancke领导的科学家已经开发出一种新的ChIP方法，有望实现自动化，并降低成本和复杂性。这种新方法被称为“FloChIP”。

微流控技术本质上涉及到通过含有多个精心设计的通道的芯片对流体进行精确的操作。因为它模仿细胞的内部动力学，这项技术可以而且已经被用于许多生物工程过程中。

FloChIP采用微流体技术，大大简化了ChIP的工作流程。在PNAS上发表的一篇论文中，EPFL的科学家证明FloChIP是高度模块化的，能够以自动化的方式同时和重复地执行多个ChIP -seq分析。在这篇论文中，研究者们对组蛋白标记和转录因子都表明了这一点。

该研究的第一作者Riccardo Dainese说：“由于其成本效益、吞吐量和普遍适用性，我们相信FloChIP将成为染色质生物学和蛋白质DNA相互作用研究现有工具的有效补充。”。

“有了这项新技术，ChIP等困难的分析的真正自动化指日可待，”Deplancke补充道。“这有望促进染色质结合蛋白作为包括癌症在内的多种疾病的高信息性诊断指标的应用。”